Salmonella

Les salmonelles sont des entérobactéries du genre Salmonella, appelées ainsi en l'honneur du médecin vétérinaire américain Daniel Elmer Salmon même si l'homme qui a découvert le genre était Theobald Smith, qui travailla sous la direction de...



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Entérobactérie - Bactérie (nom scientifique) - Bactérie - Bactériologie - Intoxication alimentaire

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Définitions :

  • (de Salmon, bactériologiste américain). Genre de bactéries comprenant des espèces à Gram négatif à l'origine d'infections nommées... (source : nzdl.sadl.uleth)

Les salmonelles sont des entérobactéries du genre Salmonella, appelées ainsi en l'honneur du médecin vétérinaire américain Daniel Elmer Salmon même si l'homme qui a découvert le genre était Theobald Smith, qui travailla sous la direction de Salmon au Bureau of Animal Industry (BAI) dès 1884[1].

Taxonomie

D'après les travaux récents de taxonomie, surtout par hybridation de l'ADN, le genre Salmonella comporte deux espèces, la principale (longtemps reconnue comme l'unique), Salmonella enterica comprend plus de deux-mille sous-espèces ou sérotypes — dont la plus fréquente est Salmonella enterica Enterica — elles-même divisées en de nombreux sérovars (Enteritidis, Derby, Hadar, Infantis, Paratyphi, Typhi, Typhimurium, Virchow, etc. ).

Les espèces de Salmonelle sont par conséquent les suivantes :

  • Salmonella bongori ;
  • Salmonella enterica ;
  • Salmonella enterica Arizonæ ;
  • Salmonella enterica Diarizonæ ;
  • Salmonella enterica Enterica ;
  • Salmonella enterica Houtenæ ;
  • Salmonella enterica Indica ;
  • Salmonella enterica Salamæ ;
  • Salmonella subterranea (depuis 2004).

En 2000, le Centre national de référence des Salmonella et Shigella (CNRSS) de l'Institut Pasteur, à Paris, avait référencé 883 souches de Salmonella d'origine humaine. Les sérovars Enteritidis et Typhimurium en représentaient respectivement 36 % et 29 %. On connaît actuellement plus de 2 000 sérotypes de salmonelles.

Caractères biochimiques

Ce sont des entérobactéries bacilles à Gram négatifs, mobiles (ciliature péritriche), aéro-anaérobies facultatifs, oxydase -, nitrate réductase +, fermentative du glucose, lactose - H2S +, uréase -, lysine décarboxylase +, utilisant la voie des acides mixtes, indole-, ne possédant pas la béta-galactosidase, à forte contagiosité, responsables de gastro-entérites, toxi-infections alimentaires et des fièvres typhoïde et paratyphoïde (S. typhi et S. paratyphi).

Dose infectieuse

Il n'y a pas de dose infectieuse type, celle ci dépendant :

  1. de la pathogénicité de la souche (ou sérovar) reconnue
  2. de facteurs de sensibilité de l'hôte
  3. de la concentration microbienne (dose en contact ou ingérée).

Caractères antigéniques

Comme l'ensemble des Enterobacteriaceæ, les Salmonella possèdent des antigènes somatiques O (situé dans la paroi). Il en existe 67, on distingue l'antigène O majeur caractérisant un groupe de Salmonella et l'antigène O mineur qui est accessoire. La délétion par mutation de l'antigène O entraîne une perte partielle ou totale du pouvoir pathogène.

Les Salmonella possèdent aussi des antigènes flagellaires H. Ils sont présents sous deux formes différentes (phase). Soit sous les deux formes simultanément (diphasique) soit sous la forme d'une seule phase (monophasique). Ces deux phases sont codées par deux gènes différents mais particulièrement voisins, ils doivent provenir de la duplication d'un même gène ancestral.

Enfin, Salmonella ser. Typhi, S. ser. Paratyphi C et S. ser. Dublin possèdent l'antigène capsulaire de nature polyosidique Vi pouvant (plus ou moins) masquer l'antigène somatique O. Ce dernier est démasqué par destruction de l'antigène Vi (chauffage à 100 °C pendant 10 min).

Habitat

Les salmonelles peuvent survivre plusieurs semaines en milieu sec et plusieurs mois dans l'eau. Elles se retrouvent par conséquent souvent dans les milieux aquatiques pollués, la contamination par les excréments d'animaux porteurs étant particulièrement importante. Les vertébrés aquatiques, surtout les oiseaux (Anatidés) et les reptiles (Chéloniens) sont d'importants vecteurs de salmonelles. Les volailles, les bovins et les ovins étant des animaux souvent contaminants, les salmonelles peuvent se retrouver dans les aliments, surtout les viandes et les œufs crus.

Pathogénie

Deux groupes, différents par leur pathogénie et leur épidémiologie, d'importance numérique particulièrement inégale, concernent la pathologie humaine.

Syndromes typhoïdes et paratyphoïdes

Quatre sérotypes de salmonella sont adaptés à l'homme, qui en forme l'unique réservoir et chez qui ils provoquent une maladie spécifique. Ce sont S. typhi (bacille d'Eberth), S. paratyphi A, S. paratyphi B (bacille de Schotmüller) et S. paratyphi C (bacille d'Hirschfeld), accessoirement S. sendai. Les germes pénètrent, même en nombre restreint, par voie digestive et après une incubation assez longue (jusqu'à 3 semaines) traversent la muqueuse intestinale et envahissent le tissu lymphoïde pré-intestinal (plaques de Peyer). De là, le germe passe avec la lymphe dans la circulation, ce qui détermine un état septicémique. La septicémie n'est par conséquent pas une complication accidentelle mais s'inscrit dans l'évolution normale de la maladie. D'autre part, les plaques de Peyer peuvent s'ulcérer et entraîner une perforation intestinale et une péritonite. Le malade guéri peut rester porteur de germes pendant des mois ou des années, les bactéries persistant en particulier dans les voies biliaires.

La libération d'endotoxine joue un rôle important dans la pathogénie de la maladie, d'où le danger de l'administration d'une forte dose d'antibiotique qui risque de provoquer une lyse massive des bactéries.

La transmission se fait en particulier par d'eau potable lors des épidémies étendues. Mais le contact direct ou les aliments peuvent aussi être en cause dans la propagation. Le contrôle bactériologique strict des eaux de consommation mais aussi la surveillance du réservoir de germes (porteurs) expliquent la diminution spectaculaire des fièvres typhoïdes et paratyphoïdes dans les pays à hygiène développée.

Toxi-infections alimentaires ou entérites à salmonella

Est responsable le groupe potentiellement constitué par tous les autres sérotypes (plus de mille) dont la majorité n'ont cependant jamais été rencontrés chez l'homme. Ces salmonella sont rencontrés chez diverses espèces animales, la majorité n'étant d'ailleurs pas liées à un hôte spécifique et pouvant aussi infecter l'homme. Il s'agit par conséquent d'une zoonose.

Le germe pénètre par voie digestive et doit être ingéré en particulièrement grand nombre pour déclencher la maladie chez l'adulte sain. L'acidité gastrique serait entre autre responsable de la destruction de la majorité des germes ingérés. Ce contage massif est réalisé par l'ingestion d'aliments dans lesquels le germe a pullulé comme dans un milieu de culture.

Cependant les nourrissons et les jeunes enfants sont énormément plus sensibles à l'infection qui peut être réalisée par l'ingestion d'un nombre minime de bactéries. On a pu prouver que, chez les nourrissons, la contamination pouvait se faire par l'inhalation de poussières chargées de bactéries. Après une courte incubation de quelques heures à 1 jour, le germe se multiplie dans la lumière intestinale en provoquant un syndrome inflammatoire intestinal avec diarrhée fréquemment muco-purulente et sanguinolente. Chez les nourrissons, la déshydratation peut entraîner un état de toxicose grave. Le plus souvent, la maladie est bénigne. Il n'y a normalement pas de septicémie, qui peut cependant survenir exceptionnellement à titre de complication chez des sujets débilités (maladie de Hodgkin, par ex. ). Des localisations extra-intestinales sont envisageables, surtout des méningites à salmonella chez les enfants, des ostéites, etc...

Épidémiologie des toxi-infections alimentaires

L'épidémiologie fait intervenir l'alimentation, en particulier les viandes, les œufs et les produits laitiers.

Ces salmonella présentent une forte recrudescence durant l'été. La grosse majorité des entérites à salmonella surviennent chez les jeunes enfants, sous forme de cas dispersés. Au moins 25 % des entérites estivales des jeunes enfants sont causées par des salmonella. En Europe occidentale, S. typhimurium représente près de 70 % des isolements!

Diagnostic

Les procédés de diagnostic biologique sont différents dans les deux groupes pathogéniques.

Hémoculture

Positive durant la première semaine de la maladie. Il est indispensable d'ensemencer un volume de sang important compte tenu de le nombre restreint de salmonella dans la circulation.

Coproculture

Elle peut être positive la première semaine de la maladie mais en particulier après les premiers jours ; elle peut rester positive chez le convalescent (portage). Les selles sont ensemencées sur milieux sélectifs (gélose Salmonella-Shigella ou gélose S. S. , gélose au désoxycholate-citrate, gélose au vert brillant, gélose SM ID)  : sur ces milieux, la majorité des germes fécaux est inhibée. La présence de lactose et d'un indicateur de pH sert à repérer les colonies lactose négatives, et aussi sur milieu sélectif du germe (bouillon sélénite f, donnant la possibilité la pousse de Salmonella au détriment des autres bactéries de la flore commensale intestinale, ce milieu est particulièrement utile lors d'un dépistage à l'uréase négatif. ) les salmonella et les shigella ne fermentent pas ce sucre. Les colonies suspectes sont repiquées et identifiées biochimiquement et sérologiquement. Il existe des milieux d'enrichissement tels que le milieu au sélénite, au tétrathionate et au vert de Malachite de Rappaport qui permettent d'inverser la proportion des germes fécaux et salmonella au profit de ces dernières, dans les cas où leur nombre est trop faible pour les mettre en évidence directement.

Sérodiagnostic = réaction de Widal ou Sérotypage

La réaction devient positive après à peu près une semaine d'évolution. Le sérum est testé vis-à-vis de suspensions O et H de Salmonella Typhi et des S. Paratyphiques. Les Ac O apparaissent les premiers mais disparaissent peu de temps après la guérison. Les Ac H apparaissent quelques jours plus tard, atteignent des taux plus élevés et peuvent persister plusieurs mois après la maladie. A la période d'état, les 2 Ac O et H sont présents. On peut observer une co-agglutination entre les Ag. O de S. typhi et des paratyphiques (parenté antigénique). Par contre, l'agglutination simultanée dans plusieurs suspensions H, sans agglutination O ou avec des titres O particulièrement faibles, peut se rencontrer chez des anciens vaccinés. L'agglutination dans une seule suspension antigénique O sans H correspondant peut s'expliquer par une infection à salmonella du même groupe sérologique mais d'un autre sérotype. Par ex., une infection à S. typhimurium peut donner une réaction positive dans l'Ag. para B - O mais pas dans para B - H. La recherche des Ac anti - Vi pourrait avoir de l'intérêt chez les porteurs de germes.

2. Gastro-entérites à salmonella

Le seul procédé diagnostic valable est la coproculture qui est positive dès les premières heures de la maladie. L'hémoculture ne sera indiquée que dans de rares complications septicémiques. La réaction de Widal n'a pas d'intérêt ici.

1. Syndromes typhoïdes

Prophylaxie

Contrôle bactériologique des eaux. Dépistage des porteurs de germes qui devront être écartés de certaines professions (par ex. cuisinier).

Vaccination

Au moyen du vaccin T. A. B. C. (typhique : 75 %, paratyphiques : 25 %) constitué d'une suspension de germes tués. Trois injections sous-cutanées à plus ou moins 15 jours d'intervalles. Cependant, une injection intra-dermique unique aurait un effet immunogène au moins aussi efficace.

Traitement curatif

Le chloramphénicol garde une indication majeure dans les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes (malgré son risque d'aplasie médullaire : à peu près 0, 1 %). L'ampicilline donne des résultats environ identiques. Le co-trimoxazole (trimethoprim + sulfamethoxazole) serait aussi actif.

Prophylaxie

Contrôle vétérinaire et inspection de certaines denrées alimentaires. Hygiène dans la préparation des repas collectifs.

Vaccination

vaccination particulièrement moderne

Antibiotiques

On préconise l'abstention de toute antibiothérapie dans les cas non compliqués. Les antibiotiques seraient sans action sur le portage et contribueraient même à le prolonger.

Notes et références

  1. Brown JH, «Theobald Smith 1859-1934», dans J Bacteriol, vol.  30, no 1, 1935, p.  1–3 [texte intégral texte sur PMID]

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La version présentée ici à été extraite depuis cette source le 20/03/2009.
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